《拳皇系列》第2弹，加入组队编辑系统，玩家可以选择自己喜欢的角色，并且组成队伍，并增添了许多新要素。作为草薙京的敌手的超人气角色八神庵首次登场。
时隔九四格斗大会一年，世界各地的格斗家们再次收到了一封依旧署名为"R"的邀请函，这位"R"还是那位已经爆炸身亡的卢卡尔吗？为了解开心中的疑惑。草薙京再次参加了此次大会。并且遇到了草薙家族的宿敌八稚家族的八神庵。在打败了所有的参赛选手后，草薙京遇到了最后的挑战者--自己的父亲草薙柴舟，没有想到的是父亲竟然对自己狠下毒手，无奈之下草薙京只有打败父亲，唤醒了父亲的记忆。原来卢卡尔得到了邪恶的大蛇之血，拥有了更加强大的力量。为了报复草薙京，于是再次策划了这次格斗大会。在了解了真相之后，卢卡尔终于出现了。而此次大会也隐约提到了传说中的三神器以及大蛇这一神秘人物。[详细..]